Μετά τη λήξη του πολέμου και την απελευθέρωση της χώρας από την Γερμανική Κατοχή, η ζωή στο Αίγιο ξεκίνησε να παίρνει σιγά – σιγά, παρά τα τεράστια προβλήματα, την κανονική της μορφή. Από τις πρώτες έννοιες της πόλης ήταν η ανασυγκρότηση του Παναιγιαλείου και προς αυτή την κατεύθυνση άρχισαν να κινούνται οι παράγοντες της ομάδας. Η κατάσταση βέβαια μόνο εύκολη δεν ήταν. Η μισή ομάδα είχε χαθεί στον πόλεμο. Αρκετοί παίκτες είχαν εκτελεστεί από τους Γερμανούς, άλλοι πέθαναν από την πείνα και την ασιτία και όσοι απέμειναν προσπαθούσαν και πάλι να σταθούν στα πόδια τους, μη έχοντας κουράγιο να συνεχίσουν να παίζουν ποδόσφαιρο.
Η προσπάθεια όμως δεν σταμάτησε και τον Οκτώβριο του 1945 πραγματοποιείται η πρώτη μεταπολεμική Γενική Συνέλευση και η διοίκηση που εκλέγεται (Ιωάννης Μεντζελόπουλος, Αθανάσιος Παναγόπουλος, Νικόλαος Ντρίνιας, Γεώργιος Αναστασόπουλος, Ανδρέας Αναστασόπουλος, Ιωάννης Μητρόπουλος) ξεκινά την προσπάθεια ανασυγκρότησης της ομάδας.
Στις 4 Νοεμβρίου 1945 εγκαινιάζεται και το νέο γήπεδο στο Αίγιο, το οποίο δεν ήταν τίποτα περισσότερο από ένα οικόπεδο περιφραγμένο πρόχειρα με συρματόπλεγμα, με τον αγωνιστικό χώρο να έχει στρωθεί με ελαιοπυρήνα από το εργοστάσιο της ΕΤΕΛ. Αντιμετώπισε τον Απόλλωνα Πατρών τον οποίο νίκησε 1-0 για να ακολουθήσουν και άλλα φιλικά παιχνίδια με αντιπάλους πατρινές ομάδες (Θύελλα, Ολυμπιακό), τον Εθνικό Αιγίου, αλλά και την ομάδα των αγγλικών στρατευμάτων που είχαν παραμείνει στο Αίγιο.
Την ίδια περίοδο ενεργοποιούνται δύο ακόμη σωματεία του Αιγίου, η ΑΕΚ και ο Εθνικός που όμως δεν δηλώνουν συμμετοχή στα πρωταθλήματα της ΕΠΣ ΑΧΑΙΑΣ και δίνουν μόνο φιλικά παιχνίδια. Τελικά στο τέλος της περιόδου 1949-50 λαμβάνεται η μεγάλη απόφαση από τους παράγοντες των τριών ομάδων. Η συγχώνευση και η δημιουργία μιας νέας ισχυρής ομάδας που θα μπορέσει να πρωταγωνιστήσει τα επόμενα χρόνια. Έτσι «γεννιέται» ένα νέο σωματείο με το όνομα ΠΑΝΑΙΓΙΕΥΣ που πήρε μέρος την επόμενη χρονιά (1950-51) στο πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Πατρών χωρίς ωστόσο να καταφέρει πολλά πράγματα. Μοιραία, την επόμενη χρονιά διαλύεται και την περίοδο 1951-52 η αιγιώτικη ομάδα κάνει και πάλι την εμφάνισή της με το αρχικό της όνομα.
Περίοδος 1947-48
Λόγω του όλο αυξανόμενου αριθμού των ομάδων, κατέστη από την ΕΠΣ Πατρών αναγκαίος ο διαχωρισμός των σωματείων. Έτσι διεξήγαγε δύο πρωταθλήματα:
α) της Πάτρας όπου αγωνίζονταν οι ομάδες της επαρχίας Πατρών β) της Περιφέρειας στο οποίο μετείχαν οι σύλλογοι από την Αιγιάλεια, την Αιτωλοακαρνανία και την Ηλεία. Στο τέλος κάθε περιόδου, οι πρώτοι των δύο αυτών πρωταθλημάτων αναμετριόνταν σε διπλή συνάντηση για την ανακήρυξη του υπερπρωταθλητή της ΕΠΣ. Οι ομάδες της Περιφέρειας χωρίστηκαν σε τρεις υποομίλους Ηλείας, Αιτωλοακαρνανίας και Αιγιάλειας (Παναιγιάλειος, ΑΕΚ Αιγίου και Εθνικός Αιγίου). Τα τεράστια προβλήματα όμως που αντιμετώπιζαν ο Παναιγιάλειος και οι άλλες δύο Αιγιώτικες ομάδες τους λύγισαν, και τελικά δεν συμμετείχαν. ο Παναιγιάλειος ξεκίνησε μεν στο πρωτάθλημα της Πάτρας, αντιμετωπίζοντας στο Αίγιο τον Αχιλλέα και τη Θύελλα, με τους οποίους φέρνει ισοπαλία με το ίδιο σκορ (1-1), αλλά δεν συνέχισε.
Τελικοί υπερπρωταθλητή
Παναιτωλικός-Απόλλων Πατρών 4-2
Απόλλων Πατρών-Παναιτωλικός 0-2
ΚΥΠΕΛΛΟ ΕΛΛΑΔΟΣ
(Περιφέρεια Πατρών)
ΠΑΝΑΙΓΙΑΛΕΙΟΣ-ΑΕΚ Αιγίου 3-1
Θύελλα Πατρών-ΠΑΝΑΙΓΙΑΛΕΙΟΣ 3-2
Παίκτες ΠΓΣ : Βαρβίας (τερματοφύλακας), Σταύρου, Μουρτζούχος, Αθανασίου, Κούκας, Φούκας, Χριστοδούλου, Λουρίδας, Κάρλος, Χρυσόβολης, Καράμπαμπας.
1948-1950
Την διετία αυτή ο Παναιγιάλειος όπως και οι άλλες δύο ομάδες (ΑΕΚ Αιγίου και Εθνικός Αιγίου) είχαν περιέλθει σε ακόμη πιο βαθιά κρίση, και πάλι δεν κατάφεραν να συμμετάσχουν σε επίσημους αγώνες. Την περίοδο 1948-49 υπερπρωταθλητής αναδείχθηκε ο Παναιτωλικός (πρωταθλητής Περιφέρειας) αφού η Παναχαϊκή (πρωταθλήτρια Πατρών) παραιτήθηκε των αγώνων.
Τελικοί υπερπρωταθλητή 1949-50
Παναιτωλικός-Ολυμπιακός Πατρών 1-3*
Ολυμπιακός Πατρών-Παναιτωλικός 2-1
*ο αγώνας διεκόπη και κατακυρώθηκε υπέρ του Ολυμπιακού Πατρών
